在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途……
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内向的太空公主萨伊拉被迫离开她的家乡克利托波利斯星球，展开了一段跨越星际的彩虹任务，目的是拯救被直白族马里恩人绑架并勒索赎金的前女友。
“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。 永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。
十年前，风暴的父亲在战斗中被入侵地球的狂岚博士抓走，风暴的家乡蓝虎村也一同消失。如今，风暴已经成为了宇宙护卫队的队长，并偶然得知父亲风雷和狂岚博士可能被困在异时空--某颗位于平行宇宙的星球。于是风暴和伙伴们通过制造时空缝隙来到异时空，并找到了消失的蓝虎族。原来狂岚博士十年前造成的能量波动意外把自己和蓝虎村传送到 了异时空。狂龙博士囚禁了很多蓝虎村民用于做实验，其中包括风暴的父亲风雷。风暴救出了已被折磨到失忆的父亲，没想到在打开时空裂缝返回地球时，狂岚博士也得以一同返回地球，并率领自己的火恐龙兽军团再次试图占领地球。危难之时，风暴唤醒了失忆的风雷，父子合力带领护卫队其他成员战胜了狂岚博士和火恐龙兽军团，保护了地球安全。
